本发明公开了融合猪抗菌肽FPAP重组酵母菌制剂的制备及应用。本发明所提供的融合蛋白，包括猪抗菌肽PR?39、猪抗菌肽Tritrpticin、猪抗菌肽PAMP23和猪抗菌肽PG1；所述猪抗菌肽PR?39、猪抗菌肽Tritrpticin、猪抗菌肽PAMP23和猪抗菌肽PG1的氨基酸序列分别为序列1第1?42位、序列1第51?63位、序列1第72?94位和序列1第103?129位。实验证明，本发明的FPAP可以促进淋巴细胞、红细胞和白细胞的增殖，抑制致病微生物的生长，促进非特异性抗体(IgG、IgG1、IgG2a)及疾病特异抗体的分泌，提高动物的免疫能力与存活率。