本发明属于基因工程技术领域，具体涉及一种利用转座酶对染色质开放区和线粒体基因组进行甲基化研究的方法。针对现有的线粒体基因组必须要提取DNA分离提纯才能进行甲基化研究的问题，本发明提供一种利用转座酶对染色质开放区和线粒体DNA进行甲基化研究的方法。本发明在细胞裂解后，采用Transposon复合物对染色质进行酶切，得到染色质开放区的DNA片段及线粒体DNA片段，再进行缺口补平、重亚硫酸氢盐转化，扩增后得到用于Illumina测序的文库，经Illumina测序后与参考基因组比对，得到甲基化修饰的胞嘧啶位点，即5mC位点。本发明可直接进行染色质开放区和线粒体的甲基化研究，简化了工序，提高了线粒体甲基化研究效率。