本发明公开了一种基于医学图像配准的骨髓炎病变分析方法。本发明通过对病人术前/术后不同时期采集图像进行精确配准提取骨髓炎病变区域，通过同步显示浏览、灰度值测量等技术让医师直观、准确的观察判断同一位置病变的发展情况或手术之后的恢复情况。本发明包含如下步骤：1）首先基于互信息的多分辨率配准方法对手术前后不同时间采集的CBCT图像数据集进行两两配准；取其中一个数据集作为原数据集，另一个作为目标数据集；2）配准好的图像中，通过采样分析两幅图像的差异来提取病变区域；3）利用直方图分析病变区域并输出评估结果。方法整体流程图如图1所示。本发明的有益效果是大大节约医生的诊断时间，在临床诊断中具有很大的应用前景。