一种用于跨流域多点引水的复合网络输水系统，包括至少两个位于不同流域的水源、多个竖井或者多个竖井和至少一个中间水库、至少一个终水库，所述竖井或中间水库设置在低于水源取水点高程且便于水流交汇、分流并适于引水之处，所述终水库设置在需要并适合储水之处；各水源分别通过有压输水涵洞与一个对应的竖井或中间水库连接，利用水位高程差向对应的竖井或中间水库输水，各对应于水源的竖井或中间水库将来自水源的水分别进行分流，并通过有压输水涵洞或串联连接的明渠与有压输水涵洞将分流后的水输送至其下游的竖井或中间水库，位于最下游的竖井或中间水库分流出的水通过有压输水涵洞或串联连接的有压输水涵洞与明渠直接输送到终水库。