本发明公开了一种两嵌段非离子型聚氨酯含氟短链表面活性剂及其制备方法。该非离子含氟短链表面活性剂是聚乙二醇单甲醚和二异氰酸酯按一定比例在有机铋催化下反应得到中间体，然后将该中间体与短链氟醇偶联反应得到。本发明的特点是该非离子含氟短链表面活性剂的制备方法简单，起始原料为通用试剂易于获取，合成过程无需有机溶剂，且较短的氟碳链和聚氨酯结构使其具有很好的生物相容性和生物降解性，可用作防水防油助剂、含氟烯烃乳液聚合的乳化剂、金属表面的去污剂等，具有广阔的应用前景。