本发明属于微生物学和分子生物学交叉技术领域，具体涉及一种科氏梭菌特异性探针及其用于检测窖泥中科氏梭菌含量的用途和方法。针对现有技术中还未见有采用荧光原位杂交检测科氏梭菌数量的方法的问题，本发明提供一种基于科氏梭菌16S rRNA保守端序列设计特异性的互补核酸探针，命名KCLZ，序列如SEQ ID NO：1所示。应用本发明的KCLZ探针，可特异性的检测酿酒窖泥等样品中的科氏梭菌，为准确剖析浓香型白酒窖池中科氏梭菌随窖龄变迁的规律提供了一种准确，快速的分析手段。