本发明属于载体构建领域，具体涉及一种重组蝙蝠腺相关病毒载体及其用途。针对AAV存在的人源抗体中和的问题，本发明提供一种重组蝙蝠腺相关病毒载体，该重组载体的表达框架为：从5’到3’端依次为人AAV2的REP基因，蝙蝠AAV的CAP基因和多聚腺苷酸加尾信号。通过启动子调控表达后，该重组载体能够抵抗人源AAV抗体的中和，同时该重组蝙蝠AAV载体对小鼠肌肉组织也有一定的转导能力。本发明的重组蝙蝠腺相关病毒载体可携带目的基因在体内靶向肌肉，并能抵抗人源AAV抗体的中和，对肌肉疾病的基因治疗具有一定的应用前景。