本发明公开一种肺结节标注系统，包括：导入模块，用于导入CT图像；标注模块，用于对CT图像进行标注，获取第一CT图像；标注模块包括：图像显示单元，绘图单元，数据生成单元，标注填写单元；图像显示单元用于显示CT图像的每一张切片图像；绘图单元用于在切片图像上绘制肺结节边框；数据生成单元用于生成肺结节边框的尺寸数据，并生成边框编号；标注填写单元用于显示边框编号，并供标注者根据边框编号填写肺结节信息；数据库，用于保存第一CT图像对应的数据标签；导出模块，用于导出第一CT图像和其对应的数据标签。本发明提供的技术方案，能够对CT图像上的肺结节进行精确、有效的标注，从而为肺结节检测系统提供准确的训练样本。