本发明公开了一种β值（分离柱自转半径与公转半径的比值）可变式高速逆流色谱仪及其控制方法。包括控制系统、工控机、运动软件、中心轴传动系统、附行星轴传动系统、箱体、软管、进出料管。所述中心轴传动系统通过支撑板固定在箱体上，所述附行星轴传动系统通过行星架与中心轴传动系统连接，所述进出料管穿过中心轴与软管连接，所述软管与附行星轴上的分离柱连接，药物通过进出料管和软管进出分离柱，所述控制系统控制电机的旋转，带动中心轴传动系统及附行星轴传动系统运转，实现分离柱中药物的分离，所述控制系统由运动软件控制，所述运动软件安装在工控机上。本发明可以设置附行星轴之间的距离，实现β值大小的改变，以便于分析不同β值条件对分离度的影响。