本发明公开一种唇裂手术标志点识别系统，包括：图片筛选模块，用于接收包含人脸的原始图片，并对所述原始图片进行筛选，获取规范的唇裂图片；人脸检测模块，用于根据预设的目标参数，从所述规范的唇裂图片中提取人脸部分，获取人脸图片；轮廓框确定模块，用于根据预先训练的第一卷积神经网络，从所述人脸图片中获取鼻唇部轮廓框；切点位置确定模块，用于根据预先训练的第二卷积神经网络，从所述鼻唇部轮廓框中获取手术标志点位置。本发明提供的技术方案，能够自动、准确地确定唇裂患者的手术标志点位置，为医生提供有效的手术指导。