本发明提供了通过微孔界面对流聚合制备复合薄膜的方法，步骤如下：(1)配制密度不同且不相互溶的水相和有机相溶液；(2)将基膜的整个边缘用夹具夹住并将基膜绷紧，在夹具上套上密封圈；(3)将水相和有机相溶液中密度较小及较大的相分别作为下层和上层溶液，将下层溶液加入反应容器中，将夹持基膜的夹具水平放置于下层溶液表面，立即向夹持基膜的夹具上方加入上层溶液进行聚合反应，反应过程中，夹具上的基膜始终处于上层溶液与下层溶液的界面上，基膜的微孔中会发生对流，单体在基膜的微孔中发生聚合反应形成功能高分子组分，得到复合薄膜。该方法制备的复合薄膜的功能高分子组分分布在基膜的孔道结构中以及基膜的膜孔周围。