本发明公开了一种龈下厌氧菌群采集器及使用方法。该龈下厌氧菌群采集器包括采集器圆柱状外壳、带细针管样结构的大推杆、带采集丝的小推杆、密封橡皮圈、采集丝、密封出口的塑料盖、保护气体、内圈弹簧、外圈弹簧和顶销式伸缩机构；所述采集器圆柱状外壳一端设置有密封橡皮圈，另一端设置有密封出口的塑料盖；密封出口的塑料盖内设有保护橡皮膜,位于采集器圆柱状外壳的底部，用于将采集器圆柱状外壳的底部进行密封。基于本发明提供的龈下厌氧菌群采集器可以保证龈下厌氧菌群在采集、转运直至接种过程中完全由保护气体保护，有效地与初期检查获得的探诊深度范围结合，避免采集丝过度伸入导致出血，使菌群采集更加准确。