本发明公开了一种基于冠状动脉三维重建的支架选取方法，其包括以下步骤：S1、获取冠脉CT造影数据中的血流动力学参数和薄层CT图像中冠状动脉在冠状面、矢状面、横截面的直径；S2、根据获取数据进行三维重建，得到冠状动脉的3D模型；S3、根据冠脉CT造影数据中的血流动力学参数得到冠状动脉3D模型中的初始血流储备分数；S4、在冠状动脉的3D模型中单一植入不同的虚拟支架，得到植入不同虚拟支架后的3D模型；S5、调整每个虚拟支架的植入位置，得到每个虚拟支架在不同位置处对应的血流储备分数；S6、选取最高血流储备分数所对应的虚拟支架及植入位置，完成支架选取。本发明克服了临床上支架的选择只能依靠经验的弊端。