本发明涉及水资源效率评估领域，公开了一种带反馈变量的二层水资源效率评价方法，用以提高水资源效率评估的精确度。步骤包括：先根据评价的目的定义决策单元的评价指标；再根据评价指标构建带反馈变量的二层规划模型，所述反馈变量为污水处理产生的再使用水进入水使用子系统的水量；再基于二层规划模型的最优解定义相应的系统成本效率公式；再收集各决策单元同一时间节点的指标数据，并将指标数据带入二层规划模型中进行求解,并将所得的最优解带入效率公式中，计算出各决策单元水使用子系统的成本效率值、污水处理子系统的成本效率值以及整个水系统的成本效率值；最后解释计算的效率值含义，分析其中原因。本发明适用于水资源效率评估。