本发明属于基因工程和禽病疫苗技术领域，公开了一种包含IBV多表位EpiC和NDV F基因的重组基因，该重组基因的核苷酸序列如SEQ ID ****所示，包括SpUsp45‑Tuftsin、EpiC、F‑DCpep和AcmA，所述SpUsp45‑Tuftsin、EpiC、F‑DCpep和AcmA通过linker顺次连接，所述linker为氨基酸序列如GSGGS所述的柔性短肽。本发明还公布了以该重组基因制备的重组表达质粒、重组乳酸杆菌及其应用。本发明的优点在于，本发明提供的重组基因，合理整合了IBV多表位EpiC和NDV F基因，可表达至宿主表面、增强抗原免疫原性，以此制备的重组乳酸杆菌可同时免疫IB和ND的DNA，对IBV的攻毒保护达到80％，对NDV的攻毒保护达到90％，可在鸡群内可长期定植，为鸡群提供持续的免疫保护，具有广阔的应用前景和良好的社会经济效益。