本实用新型公开了一种腹透短管连接结构及双袋腹透系统，涉及医疗器械技术领域，解决现有腹透治疗时，腹透短管的端头的两段螺纹容易被污染的问题。本实用新型采用的技术方案是：腹透短管连接结构，包括腹透液主管路和腹透短管接头，腹透液主管路的端头包括第一螺母端头和套接在第一螺母端头外侧的第二螺母端头；腹透短管接头外侧设置第一螺纹段和第二螺纹段，第一螺母端头和第一螺纹段相匹配，第二螺母端头和第二螺纹段相匹配。双袋腹透系统，包括腹透液袋、废液袋，以及上述腹透短管连接结构，并通过三通连接。腹透短管接头的两段螺纹都得到保护，防止双袋腹透系统的间歇工作以及更换连接头过程中潜在的污染风险，提高腹透的安全性。