本发明实施例适用于科学钻探技术领域，提供了一种深部岩石保质取芯装置及其取芯方法。该深部岩石保质取芯装置包括钻具、钻头、中心杆以及储芯本体，钻头安装在钻具的下端，中心杆的下端连接储芯本体，并且中心杆能够带动储芯本体在钻具内沿钻具的轴向方向移动，中心杆内开设有下端开口的储液腔，储芯本体内开设有下端开口的储芯腔，储芯本体的上端安装有用于控制储液腔与储芯腔相互连通或阻断的第一阀门，钻具的内壁上安装用于封盖或打开储芯腔下端开口的第二阀门。本发明在取芯过程中能够避免岩芯上的微生物生存环境改变，同时可以防止岩芯内部油气资源的丧失而导致资源评估失真，最终充分达到保质取芯目的，保证了岩芯原位品质状态。