本发明涉及含螯合态中微量元素的水溶性聚磷酸铵及其制备方法，属于化学肥料技术领域。含螯合态中微量元素水溶性聚磷酸铵的制备方法：将磷铵、尿素和矿物按质量比1:0.1～1:0.001～0.3混匀，于190～350℃反应0.5～2h,反应结束后得到含螯合态中微量元素水溶性聚磷酸铵；其中，所述矿物为含有中微量元素的精制矿物。本发明改变了传统生产含中微量元素聚磷酸铵先合成聚磷酸铵再在其水溶液中与金属盐进行螯合的工艺，简化了生产过程，降低了生产成本。