本发明公开了一种基于多项式数论加密的医疗信息保护系统，包括数据采集单元、协同式入侵检测单元、疾病预测单元和远程云服务器，其中数据采集单元由复数个数据采集传感器构成，所述数据采集单元将患者的生理信息通过多项式数论加密算法进行加密后上传到协同式入侵检测单元；协同式入侵检测单元，由建立在微云上的复数个入侵检测单元组成，每个入侵检测单元被分配以独立地执行入侵检测任务；远程云服务器包括数据保护单元以对上传的患者的生理信息进行重组、加密，并以电子医疗数据EMR的形式存储。本发明解决了现有技术中患者通过医疗传感器收集并上传到远程服务器的身体数据信息无法得到安全保证的技术问题。