本发明公开了一种复合体系及其检测不平衡混合检材的方法和应用。该复合体系包括扩增18个SNP‑STR位点的引物，每个位点包括一条共用后引物和两条增加突变的特异性前引物，具体序列见SEQ ID ****～54。本发明建立的SNP‑STR复合扩增体系，简化了操作过程，能在现有法医物证常规检验设备的基础上广泛使用，对法医现场二人混和样本进行检测，同一STR分型样本区分，无创产前诊断和无创产前亲子鉴定，提供了新的技术手段，为破案提供线索与证据。