本发明公开了一种含水光的多能源互补发电系统容量配置方法，其包括以下步骤：S1、获取含水光的多能源互补发电系统的历史出力值、出力变化率和历史电价；S2、构建含水光的多能源互补发电系统出力模型、虚拟电源成本模型、中长期电量比例和分解模型、现货价格不确定性模型和基于经济性与互补特性的容量配置模型；S3、获取当前电力市场中现货价格、中长期价格和本地负荷需求增长率，并获取当前发电系统容量规划方案集中每个方案的年收益率；S4、将年收益率最高的方案作为最优方案，完成发电系统容量的配置。本发明基于对系统经济性与互补特性的权衡考量，得到各个规划水平年系统容量配置方案，并优选出最佳方案，完成容量配置。