本发明公开了一种基于Simulink模型的副翼作动器故障诊断方法，属于直接驱动阀式多余度副翼作动器故障诊断领域，该故障诊断方法的主要步骤为：分析副翼作动器结构，搭建副翼作动器的仿真模型；分析作动器故障模式的发生概率和严酷度，构建危害性矩阵图，梳理需要诊断的关键故障模式；在作动器仿真模型中植入不同种类的故障，采集故障数据；分析故障数据特性，对不同类型的故障模式采用不同的故障诊断方法，并建立整体故障诊断规则，最后实现对作动器准确故障诊断，以解决副翼作动器多种故障模式的故障诊断问题。