本发明提供了一种统侧谐波阻抗估计方法和系统，方法包括：建立电力系统公共连接点处的系统侧电路的诺顿等效电路模型；基于诺顿等效电路模型，确定关于系统侧谐波阻抗和转移阻抗之间的电学关联关系；基于电学关联关系，得到关于测量阻抗和转移阻抗之间的波动关系；基于波动关系确定目标矩阵和目标向量；基于目标矩阵和目标向量，构建用于表征转移阻抗的大小与目标矩阵和目标向量之间的函数关系的转移阻抗函数；基于转移阻抗函数的最小值和电学关联关系，确定系统侧谐波阻抗的估计值。本发明缓解了传统的系统侧谐波阻抗计算方法计算结果不准确的技术问题，从而实现了即使在背景谐波较大时仍能得到准确的系统侧谐波阻抗的技术效果。