本发明提供一种具有包覆结构的电磁屏蔽3D打印线材及其制备方法，及其配套的3D打印方法，该具有包覆结构的电磁屏蔽3D打印线材，为包覆层和芯层两层结构，芯层为聚合物丝条，包覆层为通过物理沉积法在芯层表面包覆的电磁屏蔽功能性填料层，电磁屏蔽功能性填料的包覆量为芯层质量的0.1～5％；其配套打印方法为将熔融沉积型3D打印机的打印速度设置为50mm/min～500mm/min，打印温度设置高于芯层聚合物丝条的熔融温度进行3D打印。利用本发明所制备的电磁屏蔽3D打印制件在仅添加低含量电磁屏蔽功能性填料情况下，既保证了整体的力学强度，又具有优良的电磁屏蔽性能。