本发明公开了一种阻燃抗菌透明超双疏涂料及其制备方法和应用，该阻燃抗菌透明超双疏涂料是先制备含氮正离子类硅烷偶联剂改性的无机/有机纳米粒子，然后将其与阻燃剂颗粒和含氟硅烷偶联剂一起分散于溶剂中进行反应即可。采用喷涂法、刷涂或浸涂法将该涂料涂覆于金属材料基材、无机材料基材或有机高分子材料基材表面获得的涂层不仅用量少，能有效的保证基材表面颜色、纹理、孔隙、透气率等特征不变，且还能获得优异、稳定的超双疏性能、阻燃性能和抗菌性能，同时制备简单，原料廉价易得，不使用任何有毒有机溶剂，制备条件温和，皆在常温常态下进行，环境友好，制备成本低，不仅可大规模生产，且有利于工业化应用推广。