本发明涉及一种基于流量变化的温度自动控制系统及控制方法，其包括温度传感器、采样保持器、运算放大器、A/D转换器、温度预设库、主控单元、显示单元、报警单元、报警装置、信号发送单元、调节单元及控制阀。主要原理是温度传感器检测待测对象的实时温度数据，经温控系统通过改变控制阀阀口流量大小的方式使被测对象处于动态平衡状态。采用上述技术方案，可使待测对象快速达到精确的给定温度并具有温差报警装置，并处于动态平衡状态，同时可对多个待测对象进行同时控制，减少人力成本；其使用简单，成本较低，可进行实时远程操控，若系统达到报警条件即会报警，安全性高。