本发明公开了一种基于三维激光扫描的河道冲淤测量方法，包括以下步骤：S1.河道地形测量：根据测量区域的几何形状，确定扫描仪架设站点和靶标的平面布置，获取能够满足冲淤变形测量要求和完整覆盖扫描区域的点云数据；S2.点云数据配准：进行第一期的多站点点云配准，通过靶标进行初步配准，再通过最近点迭代算法减小配准误差；接着，进行多时期的点云配准，以第一期点云坐标系为工程坐标系，通过最近点迭代算法对第二期点云进行配准，导出第二期点云；S3.河道冲淤变形计算及可视化：通过对比不同时期平面坐标相同点的高度变化值，得到河道的冲淤变化量。本发明结合三维激光扫描技术实现河道冲淤测量，具有效率高、工作量小、精度高、低风险等优势。