本发明提供了一种治疗功能性消化不良的药物组合物及其制备方法和用途。该药物组合物是由如下重量配比的原料药制备而成的制剂：柴胡10～20份，白芍10～20份，川芎10～20份，枳壳10～20份，陈皮10～20份，醋香附10～20份，郁金10～20份，紫苏叶10～20份，合欢皮10～20份，佛手10～20份，木香10～20份，甘草1～10份。本发明药物组合物配伍精当，各原料药缺一不可，共以发挥协同效果，对于功能性消化不良具有良好的治疗效果，可以让功能性消化不良的患者仅使用中药不使用西药的情况下达到更好的临床疗效，同时该处方适用于所有的功能性消化不良的患者，可以让很多不会辩证论治的西医使用该处方进行功能性消化不良的治疗，具有良好的应用前景。