本发明公开一种免疫固定电泳图自动识别模型的建立及使用方法，需要先建立模型，并对模型进行训练，按照以下步骤进行：a)数据准备；b)数据清洗；c)数据预处理；d)数据分割；e)建立模型，CNN网络提取蛋白电泳区带图像特征，各个蛋白电泳区带图像特征拼接组成序列特征；f)数据训练，训练LSTM模型；g)保存得到的模型，建立深度模型后，使用已训练的LSTM模型预测IFE分类结果。本发明提供一种基于端对端的深度学习方法进行IFE图自动识别，运行速度快，准确率高。