本发明涉及药物研发技术领域，公开了一种结合最短依存路径的胶囊网络关系抽取模型，针对现有的药物关系抽取模型在长语句中抽取效果较差以及高层特征信息丢失的问题，现提出如下方案，其包括嵌入层、BiLSTM层、胶囊网络层、输出层，所述嵌入层包括原句嵌入模块和最短依存路径嵌入模块，原句嵌入模块的输入信息包含单词信息，位置信息以及药物类型信息，最短依存路径嵌入模块的输入是利用斯坦福解析器获取的两个药物实体之间的最短依存路径；BiLSTM由两个LSTM组成，分别获取语句的前向信息和后向信息。本发明利用胶囊网络的动态路由机制，动态的决定低层胶囊向高层胶囊传送的信息量，避免了高层特征信息丢失的问题，从而提升抽取效果。