本发明公开了一种水电工程高水头不良地质条件下导流洞安全封堵方法，包括下闸、抽水和封堵，其中封堵包括安全防护堵头施工、不良地质段围岩加固施工和永久堵头施工。本发明方法针对水电工程高水头不良地质条件下导流洞封堵特点，采取安全防护堵头和对不良地质段围岩进行加固，通过两道保障有效避免不良地质段围岩高水头作用下失稳的风险，大大提高导流洞下闸封堵安全保证率，同时安全防护堵头也可以在导流洞进口闸门破坏时阻挡洞内突然涌水，保护封堵施工作业人员安全。本发明实施操作性强，安全防护堵头混凝土浇筑和不良地质段固结灌浆工艺简单，封堵效果好，施工周期短，施工成本低、具有很好的推广应用价值。