本发明公开了一种光谱复采样自动化检测系统，包括输入管道、输出管道、驱动装置、固定圆盘、转动圆盘、光谱探头和定位装置；所述驱动装置固定安装在所述固定圆盘上，所述驱动装置的转轴能够在固定圆盘中心通孔内转动，且所述驱动装置通过转轴带动所述转动圆盘转动；所述固定圆盘上设置有至少一组输入通道和输出通道；所述输入通道与输入管道连通，所述输出通道与所述输出管道连通；所述转动圆盘上配合一组输入通道和输出通道设置有一个检测通道；所述检测通道与光谱探头连通；所述定位装置用于检测光谱探头的位置。本发明能够对待测样品进行光谱复采样且能够对多个待测样品进行同步测量，大大提高了检测效率和检测精度。