本实用新型提供一种小分子簇水制备装置，包括气源、反应罐，氢气循环管路和压滤机，反应罐由密闭的罐体、设置在罐体内的搅拌桨以及驱动搅拌桨运动的电机组成，罐体上设有进水口、出水口、进气口、循环气出口、循环气进口和安全阀；气源通过进气管路与进气口连通，出水口通过出水管路与压滤机连通，循环气出口通过氢气循环管路与循环气进口连通用于实现氢气的循环利用。该制备装置解决了现有技术需要在较高的压力下工作、未考虑制备过程析出的不溶性杂质对小分子簇水水质的不利影响的问题，可在降低制备压力的同时实现氢气的循环利用，同时提高小分子簇水的品质，安全高效和低成本地制备小分子簇水。