本发明公开了一种心脏病大数据知识图谱系统的构建方法，包括以下步骤：首先采集心脏病基础数据，获取基础知识库；然后将基础知识库的数据进行分类与联系，获取初始数据；通过RNN神经网络对初始数据进行数据抽取，获取每条知识的实体、属性和关系，得到量化医学数据；根据Dice系数法和Canopy算法，将量化医学数据整合，获取标准知识数据；根据标准知识数据，获取知识图谱，构建知识图谱系统，并建立知识图谱系统的高速查询接口。本发明高度整合心脏病医学知识，能够快速查询心脏病医学知识和辅助医生做出合理的诊疗。