本发明公开一种利用二氧化氯处理仓储玉米中黄曲霉毒素B1的方法，属于食品工程技术领域。包括将玉米平铺在密闭仓储室内，玉米为流动型；向密闭仓储室中通入浓度为60～100mg/L二氧化氯气体，并在密闭仓储室中熏蒸12～24h；最后，通风换气，设置密闭仓储室内的玉米仓储条件为：标准大气压下，湿度为60～75%，温度为20℃以下。本发明以二氧化氯气体作为黄曲霉毒素B1的降解物质，在特定的二氧化氯气体浓度及处理时间等条件下，实现对仓储玉米中黄曲霉毒素B1的处理，黄曲霉毒素B1降解率可达78%；同时，本处理方法适用于大规模化的玉米仓储。