本发明公开了一种水库电站优先发电配额系统和方法，包括：水库电站样本数据集构建；水库电站聚类分析；排序标准选取；训练集抽取；测试集形成；构建决策树模型；形成随机森林，投票分类；优先发电指数计算；优先发电计划分配；确定水库电站优先发电计划总量；确定优先发电计划分配的权重；确定基准利用小时数；分配各电站优先发电量。本发明的优点是：全面地体现了水库电站的公益性功能价值，实现了优先发电配额的公开透明和有理有据；降低了少数因子分类带来的偏差，初步保证了水库电站的整体定位；避免了人为因素的影响。行业内一个普通的技术人员即可操作该系统完成水库电站优先发电配额，在降低人工成本的同时也提高了配额效率。