本发明公开了高效生物淋滤复合菌系，包括功能菌株和辅助菌株，功能菌株包括Acidithiobacillus thiooxidans ATCC 53990，辅助菌株包括Acidiphilium cryptum ATCC 33463、Rhodotorula mucilaginosa ATCC 9449、Alicyclobacillus cycloheptanicus CGMCC 1.7014和Sulfobacillus acidophilus ATCC 700253中的一种菌株或多种菌株的组合菌株。本发明将上述的高效生物淋滤复合菌系用于污泥脱铬工程中，通过具有较强耐酸性的异养菌消耗有机物，降低或消除对自养菌生长的抑制，利于显著提高生物淋滤效果，缩短淋滤周期，提高淋滤效率。