本发明公开了一种微波热声、光声和超声三模态肠道组织成像方法及系统，涉及医疗成像技术，成像方法包括获取肠道组织超声图像，通过向肠道组织待成像区域发射脉冲激光和脉冲微波，使肠道组织待成像区域产生肠道组织光声信号和肠道组织热声信号，将肠道组织光声信号和肠道组织热声信号转换为电信号，经过放大、滤波、A/D转换和图像重建获得肠道组织光声图像和肠道组织热声图像，将颜色编码后的肠道组织光声图像和肠道组织热声图像叠加于肠道组织超声图像。系统包括超声成像模块、脉冲激光器、脉冲微波源、超声换能器、信号处理单元、数据采集单元和计算机。该成像方法为非侵入性法，操作方便，且患者不会存在痛苦，能够更全面的实现肠道组织的成像。