本发明属于法医学检验技术领域，具体涉及一种基于9个慢突变Y染色体STR遗传标记的法医学荧光复合检测试剂盒。针对常规Y染色体STR突变率较高不利于进化研究以及Y染色体SNP分辨率低不利于法医学应用的问题，本发明提供了一种基于9个慢突变Y染色体STR遗传标记的法医学荧光复合检测试剂盒，组成包括9个慢突变Y染色体STR基因座的复合扩增引物混合物，复合扩增反应混合液，等位基因分型标准物和标准DNA 9948；所述9个慢突变Y染色体STR基因座为DYS593、DYS443、DYS645、DYS388、DYS531、DYS596、DYS426、DYS454和DYS455。本发明的试剂盒灵敏度高、稳定性好、重复性强，可有效应用于法医家系搜索、人口历史以及人口迁徙进化等领域的研究。