本发明公开了一种基于两层多个追随者鲁棒优化的水资源全局优化配置方法包含三个阶段，第一阶段是通过应用鲁棒优化模型获得等价两层模型，第二阶段是通过Karush‑Kuhn‑Tucker方法获得等价的单层模型，最后一个阶段是通过凸化和分段线性技术将非线性目标函数转化为可以直接求解全局最优解的等价的混合整数凸优化模型；在不确定环境下，模型能够权衡多层决策者的利益关系，并求得全局最优解，使得这个解在不确定参数在一定区间变动时都是可行解，使得水资源分配方案最优。