本实用新型涉及微波应用领域，是一种基于微波的医疗废物处理装置，其目的在于提供一种高效充分解决医疗废物的处理装置。本实用新型包括医疗废物运送系统、微波源、微波谐振腔、等离子处理系统和可燃气体燃效室，所述等离子处理系统包括压缩波导，所述压缩波导为两侧窄边缓慢变窄的波导。本实用新型通过压缩波导结合短路面产生较大的电场强度和较高的功率密度，以有利于激发等离子体；微波等离子体直接作用于医疗固体垃圾对其进行裂解，于此同时也裂解了所产生的有害气体。本实用新型结构简单，工艺步骤精简，增强了系统的可靠性和稳定性，更有利于设备的产业化；减少微波源的个数，从而提高了能源的使用效率，并有效地降低了成本。