本发明公开了一种非异氰酸酯路线制备两嵌段非离子型含氟短链表面活性剂的方法。该两嵌段非离子含氟短链表面活性剂首先通过甲氧基聚乙二醇环氧丙烷和二氧化碳在等摩尔比的四丁基碘化胺与高氟叔丁醇共同催化下反应得到端基为环碳酸酯的预聚体，然后将该预聚体与短链氟胺通过开环反应制得。本发明的特点是以环碳酸酯路线代替异氰酸酯路线来合成聚氨酯结构，实现了含聚氨酯结构的两嵌段非离子型含氟短链表面活性剂的非异氰酸酯路线合成，避免了有毒性的异氰酸酯单体的使用。另外，该两嵌段非离子型含氟短链表面活性剂的制备方法简单，产率高，副产物少，胶束稳定性好，拥有很好的生物相容性和生物降解性，具有广阔的应用前景。