本发明提供了一种甲基化核酸的检测方法，包括如下步骤：1)将2个以上核酸样品连接上带不同标签的测序接头，混合，得混合核酸样品；2)将混合核酸样品、不带测序接头的filler DNA和带测序接头的spike‑in混合；3)使用加热后冷却的方式得到单链核酸；4)使用识别甲基化DNA的抗体捕获甲基化核酸；5)测序。本发明的方法可以在保证甲基化捕获效率的同时，极大地提高实验效率(每管中的反应可检测多个样本)，降低试验成本(m6A抗体、捕获磁珠、DNA纯化磁珠用量大幅减少，同时节约了filler DNA的用量)，省略了spike‑in的qPCR定量检测步骤，减少了测序样本在测序前的消耗，相比现有的cfMeDIP‑seq技术有较大提升。