本发明提供了一种高维度低样本基因数据筛选及蛋白质网络分析方法及系统，该方法包括：对原始GBM数据进行预处理，获得GBM数据；基于所述GBM数据，进行特征提取，并在筛选出的协变量中添加每个协变量之间的交互项；针对筛选出的添加了交互项的协变量，执行回归分析，获得基因结果；针对所述基因结果，筛选得到最终筛选基因。再利用最终筛选基因获取GBM高表达，正常表达和不表达情况下的蛋白质数据，分析筛选关键蛋白，并最终获取关键基因影响蛋白质通路的机制。该方法优化了Cos、SIS、Lasso结合在一起的方法，使得模型筛选GBM关键基因的准确度极大提高，并确定了GBM与关键蛋白之间的信号通路关系。