本发明公开一种病理切片组织区域快速配准算法，包括以下步骤：S100、从数字切片A1中获取缩略图a1，从数字切片A2中获取缩略图a2；S200、从缩略图a1中分割出组织区域图b1，从缩略图a2中分割出组织区域图b2；S300、以组织区域图b1为模板，以组织区域图b1和组织区域图b2的互信息度量为目标函数，从旋转角度、尺度变换、是否翻转三个维度搜索最优变换矩阵，使得组织区域图b1和变换后的组织区域图b2互信息度量******，得到粗配准结果c1；S400、以组织区域图b1作为模板，以粗配准结果c1作为初始化图像，优化组织区域图b1和粗配准结果c1中的相似性度量，即可快速收敛至最优解，得到精细配准结果。本发明配准流程泛化能力更好，配准效率更高。