本发明公开一种自动估计脉络膜厚度的方法，应用于医学图像处理技术，为针对现有的自动脉络膜厚度估计算法复杂度高，人工估计误差大、估计效率低的问题；本发明首先通过对眼底OCT图像进行图像分解，获得结构层图像与细节层图像；然后从结构层图像估计脉络膜上边界；其次从细节层图像估计脉络膜下边界；最后根据估计的脉络膜上边界与估计的脉络膜下边界，计算脉络膜厚度；本发明的方法具有计算简单，效果好等特点，非常适合于对临床上对眼底OCT图像脉络膜进行自动的厚度估算。