本发明属于作物分子标记筛选与应用技术领域。具体涉及一种检测甘蓝型油菜中矮秆基因ndf1的分子标记及应用。所述分子标记的序列如SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:1所述。本发明的分子标记可用于检测甘蓝型油菜中是否携带有矮秆基因ndf1，可对携带ndf1基因的油菜品种或普通品种与高秆油菜品种杂交后获得的分离群体后代中的单株进行分子鉴定。本发明分子标记引物可根据等位基因进行特异性PCR，可在甘蓝型油菜的任何生长阶段提取基因组DNA，用PCR扩增后将所得产物直接进行电泳，根据有无带型，即可检测出某一个单株是否携带有矮秆等位基因ndf1。本发明的标记引物可在甘蓝型油菜株高和株型辅助选择中应用。