本发明公开了一种微流控芯片及其制备方法。芯片包括经过疏水改性的芯片基底，芯片基底上覆有磷脂膜，磷脂膜上镶嵌有经过核苷酸修饰物修饰后的跨膜蛋白。经疏水改性的芯片基底在电解质溶液浸润后，可以实现与磷脂膜的稳定结合；经稳定化处理的两性磷脂分子具有更高的成膜率，其在芯片基底形成磷脂膜后，具有更好的稳定性，可实现更长时间的测序工作；经核苷酸修饰的跨膜蛋白可嵌入磷脂膜，作为生物纳米孔实现基因测序工作，经过核苷酸化修饰，其在基因测序的效率及准确性上都有较大的提升。采用本发明所述的生物纳米孔微流芯片系统，可大大提升自动化基因测序速度，测序准确性并有效降低测序成本。