本发明提供了一种基于纳米材料辅助MALDI‑TOF MS进行液体活检的方法，该方法包括以下步骤：将含小分子代谢物的样品滴加到MALDI‑TOF MS的金属靶片上，风干；将纳米材料溶解到去离子水中形成纳米材料均相溶液；将纳米材料均相溶液滴加到风干后的样品上，继续风干后进行MALDI‑TOF MS检测，检测过程中使用smartbeam‑II激光器在355nm的反射正模式下获取光谱，激光频率为1000hz。本发明将质谱技术与特定的纳米材料相结合，利用特定的纳米材料提高信号的灵敏度和检出限，同时可以实现对现有基质所产生的质谱峰干扰的排除。