本发明公开一种脑血管穿刺注射系统及其使用方法，包括：定位导丝、保护器、定位导管、穿刺针，所述穿刺针尖与穿刺导丝的远端连接，所述穿刺导丝设置在穿刺导管的管腔内；所述穿刺针包括穿刺导丝、穿刺导管、穿刺针尖；所述定位导丝和穿刺导丝近端均设有保护器，所述保护器分别与定位导丝、穿刺导丝可拆卸连接；所述穿刺针与穿刺导丝的远端连接；包括步骤：步骤1、定位；步骤2、穿刺。本发明可定位穿刺注射干细胞，治疗脑损伤，穿刺注射过程中保护血管壁，控制穿刺深度，提高了手术的安全性，有利于患者术后快速恢复。